2026年10月1日から在留申請オンラインの手数料・納付方法が変更｜出入国在留管理庁の公表内容を解説

出入国在留管理庁は、2026年8月28日、2026年10月1日以降に受け付ける在留申請オンラインシステムによる申請について、手数料額と手数料の納付方法を変更することを公表しました。

今回の変更では、在留資格変更許可や在留期間更新許可について、許可される在留期間に応じて手数料額が変わるほか、オンライン申請の場合の納付方法が、従来の収入印紙からコンビニ決済または銀行決済へ変更されます。

この記事では、出入国在留管理庁が公表した内容をもとに、変更時期、オンライン申請の手数料、決済手数料、支払方法、受付日の考え方、注意すべきメールなどについて整理します。

変更は2026年10月1日から

改正後の手数料は、2026年10月1日以降に受け付けた申請に適用されます。

ここで重要なのは、「許可された日」ではなく、原則として申請が受け付けられた日によって新旧どちらの手数料が適用されるかが決まる点です。

オンライン申請の受付日は、「申請受付仮番号」または「申請受付番号」が記載されたメールで確認することができます。

在留資格変更・在留期間更新のオンライン手数料

2026年10月1日以降に受け付けられるオンライン申請では、在留資格変更許可・在留期間更新許可の手数料が、許可される在留期間に応じて区分されます。

※上記は、出入国在留管理庁が公表している2026年10月1日以降のオンライン申請に関する金額です。

2026年9月30日までに受付された申請は5,500円

2026年9月30日までに受け付けられたオンライン申請について、在留資格変更許可・在留期間更新許可の手数料は5,500円です。

9月30日までに申請が受け付けられていれば、審査が10月以降まで続き、実際の許可や在留カードの交付が10月1日以降になったとしても、改定前の手数料が適用されます。

再入国許可・就労資格証明書の手数料

再入国許可と就労資格証明書については、手数料そのものの額は変更されませんが、オンラインで納付する場合には決済手数料220円が加算されます。

決済手数料は、コンビニ決済を利用する場合でも銀行決済を利用する場合でも同額です。

オンライン申請では別途「決済手数料」が必要

2026年10月1日以降のオンライン申請では、在留許可等の手数料とは別に、出入国在留管理庁長官が指定する決済代行事業者への決済手数料が必要になります。

そのため、実際に支払う金額は「在留許可等の手数料」だけではなく、決済手数料を加えた金額となります。

支払方法は「コンビニ決済」または「銀行決済」

2026年10月1日以降にオンラインで申請した在留手続について、手数料の納付方法は次の2種類となります。

銀行決済については、インターネットバンキングを利用することにより、オンラインで支払うことが可能です。

なお、コンビニ決済については、すべてのコンビニエンスストアが対応するわけではなく、一部対応していないコンビニがあると案内されています。

クレジットカード・QRコード決済には対応しない

オンライン申請の手数料納付がキャッシュレス化されますが、出入国在留管理庁の案内では、クレジットカード決済やQRコード決済には対応していません。

オンライン申請では収入印紙が使えなくなる

2026年10月1日以降にオンラインで申請したものについては、収入印紙によって手数料を納付することはできません。

一方、2026年9月30日以前に受け付けられたオンライン申請については、許可や交付が10月1日以降になった場合であっても、従来どおり収入印紙で手数料を納付します。

窓口申請は引き続き収入印紙

今回のコンビニ決済・銀行決済への変更は、在留申請オンラインシステムを利用して行う申請についての取扱いです。

地方出入国在留管理官署の窓口で申請した場合は、2026年10月1日以降も従来どおり収入印紙によって手数料を納付します。

支払金額が分かるのは審査完了後

2026年10月1日以降のオンライン申請について、実際に納付する手数料額は、審査完了後に確認することになります。

出入国在留管理庁から審査完了メールが送信された後、別途、決済リンクが記載された案内メールが送付されます。

この決済案内メールに、実際に納付する手数料額が記載されます。

オンライン申請の支払いまでの流れ

紙の納入通知書は送付されない

2026年10月1日以降のオンライン申請では、手数料納付のための納入通知書が紙で送付されることはありません。

手数料の案内はメールによって行われるため、オンラインシステムに登録しているメールアドレスやメールの受信設定を確認しておく必要があります。

重要｜決済案内を装った詐欺メールに注意

公式案内によると、オンライン申請における在留許可手数料の決済案内は、出入国在留管理庁長官が指定する決済代行事業者から送信されます。

出入国在留管理庁は、正規の決済案内メールについて「no-reply@service-dgft.com」から送信すると案内しており、それ以外のメールアドレスから手数料の納付を求めるメールについて注意するよう呼び掛けています。

決済を求めるメールが届いた場合は、送信元メールアドレスを確認し、不審なメールに記載されたリンクへアクセスしたり、支払いを行ったりしないことが重要です。

在留申請オンラインシステムは減額措置に対応していない

出入国在留管理庁は、在留申請オンラインシステムでは在留許可手数料の減額措置に対応していないと案内しています。

減額措置の対象となることを示す疎明資料を提出する場合には、オンラインではなく、地方出入国在留管理官署の窓口で在留諸申請を行う必要があります。

永住許可申請はオンライン申請の対象外

2026年10月1日の手数料改定では永住許可に係る手数料についても改定が行われますが、現在、在留申請オンラインシステムでは永住許可申請を行うことはできません。

そのため、このページで紹介している「オンライン申請における手数料額」の表には、永住許可申請の手数料は含まれていません。

出入国在留管理庁のQ&A

Q．キャッシュレス決済の対象となる申請は？

2026年10月1日以降にオンラインで申請した在留諸申請が対象とされています。

Q．10月1日以降もオンライン申請で収入印紙を使える？

2026年10月1日以降にオンラインで申請したものについては、収入印紙による納付はできません。

Q．9月30日以前に申請して、許可が10月になった場合は？

2026年9月30日以前に受け付けられた申請については、許可または交付が10月1日以降になっても、改定前の手数料となり、収入印紙で納付します。

Q．手数料はいつ分かる？

審査完了メールの送信後に、別途送付される決済リンク付きメールに、納付すべき手数料額が記載されます。

Q．窓口申請でもキャッシュレス決済できる？

できません。窓口で申請した場合は、引き続き収入印紙による納付となります。

まとめ

2026年10月1日以降、在留申請オンラインシステムを利用した在留手続では、手数料の額と納付方法が大きく変わります。

在留資格変更許可・在留期間更新許可については、許可される在留期間によって手数料が設定され、さらに決済代行事業者への決済手数料が加算されます。

また、オンライン申請では収入印紙による納付から、コンビニ決済または銀行決済へ変更されます。一方、クレジットカード決済やQRコード決済には対応していません。

新しい手数料が適用されるかどうかは、原則として申請の受付日によって決まります。2026年9月30日までに受け付けられた申請については、許可や交付が10月1日以降になった場合でも改定前の取扱いとなります。

さらに、手数料の決済案内がメールで行われるようになることから、出入国在留管理庁は詐欺メールについても注意を呼び掛けています。決済案内が届いた際には、送信元を確認することが重要です。